《某科学的超电磁炮T》的剧情逐渐由日常进入主线，在更新的第四集中，御坂美琴久违的戴上了帽子展开行动。大家都是知道的，御坂美琴只要是戴上帽子，肯定是要大干一场。至于为何呢？那就要从御坂妹妹10032的失踪说起，御坂美琴遇到了最为棘手的对手，那就是同为等级五的超能力食蜂操祈，御坂美琴很生气，后果很严重。
日常铺垫，御坂美琴发现不对劲
大霸星祭篇开始后，御坂妹妹10032号曾阴差阳错的代替御坂美琴参加比赛。御坂妹妹的表现很抢眼，比赛结束后御坂美琴还给了食品券让御坂妹妹享受完大霸星祭的美食再回去。本集开始御坂美琴推着黑子，在学园都市散步时，御坂美琴还想着御坂妹妹到底在干什么呢。不过在一旁的活跃的黑子，正油腻的缠着御坂美琴，御坂美琴也没有想太多。
让御坂美琴起疑的是，原本很听话的御坂妹妹并没有还大霸星祭用的同学的运动服。这样御坂美琴很是疑惑和不安。御坂妹妹们对于御坂美琴来说是非常重要的，这个我们从超炮以前的剧情中就知道。在发现不对劲后，御坂美琴不敢怠慢，查找了周围的所有监控，结果发现御坂妹妹10032号失踪了。
女王能力发动，黑子成陌生人
佐天泪子对都市传说非常的感兴趣，在本集开始的日常中，佐天泪子就与初春就因都市传说“不在金属”而行动，作为行动方的佐天泪子出了点小差错，作为嫌疑人被抓了起来，最后好在有惊无险的度过了。而坐镇后方的初春就没有那么走运，发现端倪的初春被女王食蜂顺着网线删除了部分的记忆。
之后御坂美琴所做的事情都在食蜂操祈的掌控中。运送御坂妹妹的司机被操纵，甚至连学院的老师也被食蜂操祈心理掌握的能力给操纵了，还有御坂美琴还被食蜂操祈的派系们给监视了起来，这些还都只是让御坂美琴感到棘手而已，真正让御坂美琴生气的是，食蜂操祈居然连自己的朋友黑子和佐天泪子以及初春的记忆都给操纵，删除了关于御坂美琴与她们之前认识的部分。